บริษัท ไทยลีก จำกัด ยังไม่อนุมัติให้ 3 สโมสรประกอบไปด้วย ยาลอ ซิตี้, พัทลุง เอฟซี และ แอล.พี.ซี. บางกอก ที่กลับลำไม่ขอพักทีมและพร้อมส่งแข่งขันต่อในซีซั่นนี้

หลังจากที่ บริษัท ไทยลีก จำกัด ได้ส่งหนังสือสอบถามไปยังสโมสรสมาชิกในศึกไทยลีก3 เพื่อทราบจำนวนทีมที่จะแข่งขัน ซึ่งในเบื้องต้น ได้มี 68 สโมสรส่งหนังสือแสดงเจตนาที่จะยังร่วมแข่ง

โดยภายหลังมีอีก 3 สโมสร ที่ก่อนหน้าได้ขอใช้สิทธิ์พักทีม ส่งจดหมายยื่นความจำนงว่าจะขอกลับมาเข้าร่วมการแข่งขันเพิ่มเติม ประกอบไปด้วย ยาลอ ซิตี้, พัทลุง เอฟซี  และ แอล.พี.ซี. บางกอก ซึ่งเบื้องต้นยังไม่ได้รับการอนุมัติให้เข้าร่วมการแข่งขัน

จากนี้ บริษัท ไทยลีก จำกัด จะนำรายชื่อทั้งหมด ประสานกับ GotSoccer พันธมิตรด้านการออกแบบโปรแกรมการแข่งขัน ให้ออกกำหนดการแข่งขันสำหรับไทยลีก3 ต่อไป ซึ่งรายชื่อทั้ง 68 สโมสรมีดังต่อไปนี้

กรุงเทพฯ และปริมณฑล
1.มหาวิทยาลัยนอร์ทกรุงเทพ
2.ม.เกษมบัณฑิต เอฟซี
3.บีทียู ส.บุญมีฤทธิ์ ยูไนเต็ด
4.บางกอก เอฟซี
5.จามจุรี ยูไนเต็ด
6.สมุทรปราการ เอฟซี
7.เกร็กคู สายไหม ยูไนเต็ด
8.สยาม เอฟซี
9.เมืองนนท์ บ้านคุณแม่
10.รังสิต ยูไนเต็ด
11.ธนบุรี ยูไนเต็ด
12.ทหารอากาศ เอฟซี
13.ทหารบก เอฟซี

โซนใต้
1.นรา ยูไนเต็ด
2.ปัตตานี เอฟซี
3.นครศรีฯ ยูไนเต็ด
4.สตูล ยูไนเต็ด
5.สุราษฎร์ธานี ซิตี้
6.สงขลา เอฟซี
7.ป่าตอง ซิตี้
8.กระบี่ เอฟซี
9.ตรัง เอฟซี

โซนตะวันออกเฉียงเหนือ
1.อุบล ครัวนภัส เอฟซี
2.เมืองเลย ยูไนเต็ด
3.ยโสธร เอฟซี
4.สุรินทร์ ซิตี้
5.มาแชร์ ชัยภูมิ เอฟซี
6.มหาสารคาม เอฟซี
7.สกลนคร เอฟซี
8.สุรินทร์ โขงชีมูล เอฟซี
9.นครราชสีมา ยูไนเต็ด
10.ขอนแก่นมอดินแดง ฟุตบอลคลับ
11.อุดร ยูไนเต็ด

โซนตะวันออก
1.ฉะเชิงเทรา ไฮเทค เอฟซี
2.สระแก้ว เอฟซี
3.บ้านบึง เอฟซี
4.จันทบุรี เอฟซี
5.บ้านค่าย ยูไนเต็ด
6.ปลวกแดง ยูไนเต็ด
7.กองเรือยุทธการ
8.สายมิตรกบินทร์ ยูไนเต็ด
9.พัทยา ดิสคอฟเวอร์รี่ ยูไนเต็ด
10.เกาะขวาง เอฟซี
11.สอ.รฝ. เอฟซี
12.นาวิกโยธิน ยูเรก้า เอฟซี

โซนตะวันตก
1.อ่างทอง เอฟซี
2.บางปะอิน อยุธยา เอฟซี
3.มหาวิทยาลัยปทุมธานี
4.ราชประชา
5.เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด
6.สมุทรสงคราม เอฟซี
7.ทวีวัฒนา สมุทรสาคร ยูไนเต็ด
8.หัวหิน ซิตี้
9.อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด
10.สระบุรี ยูไนเต็ด
11.สิงห์ระฆังทอง กาญจนบุรี เอฟซี
12.กาญจนพัฒน์ เอฟซี

โซนเหนือ
1.ลำพูน วอริเออร์
2.กำแพงเพชร เอฟซี
3.เชียงราย ซิตี้
4.วัดโบสถ์ ซิตี้
5.อุตรดิตถ์ เอฟซี
6.น่าน เอฟซี
7.พิษณุโลก เอฟซี
8.แม่โจ้ ยูไนเต็ด
9.เชียงราย ล้านนา
10.สี่แคว ซิตี้
11.นอร์ทเทิร์นตาก ยูไนเต็ด

ทีมที่ใช้สิทธิ์ขอพักทีม มีดังนี้
1.หาดใหญ่ ซิตี้
2.ยาลอ ซิตี้ (ขอเข้าร่วมภายหลัง)
3.พัทลุง เอฟซี (ขอเข้าร่วมภายหลัง)
4.สุราษฎร์ธานี เอฟซี (ไม่ตอบตามเวลาที่กำหนด)
5.แอล.พี.ซี. บางกอก (ขอเข้าร่วมภายหลัง)
6.ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด
7.ชัยนาท ยูไนเต็ด
8.นครแม่สอด ยูไนเต็ด