พุธที่ 28 มิถุนายน 2559 เวลา14.00น. ที่โรงแรมดิเอมเมอรัล รัชดา มีการจับสลากการแข่งขันฟุตบอลช้างเอฟเอคัพ 2016 รอบ32 ทีมสุดท้าย โดยมี พล.ต.ท.พิสัณห์ จุลดิลก เลขาธิการสมาคมฯ เป็นประธานจับสลากการแข่งขัน

ซึ่งรอบนี้จะยังคงระบบน็อคเอาท์ แพ้คัดออกหากเสมอกันในเวลา90 นาที จะต่อเวลาไปอีก 30 นาที หากยังไม่มีผู้ชนะจะต้องดวลจุดโทษตัดสิน

 

ผลการจับสลากรอบ 32 ทีมสุดท้าย ทำการแข่งขันพุธที่ 13 กรกฎาคม 2559
ชลบุรี เอฟซี (ไทยลีก) vs หนองบัว พิชญ เอฟซี (ด.2)
ประจวบ เอฟซี (ด.1) vs ตราด เอฟซี (ด.2)
จันทบุรี เอฟซี (ด.2) vs บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด (ไทยลีก)
นครราชสีมา มาสด้า เอฟซี (ไทยลีก) vs นรา ยูไนเต็ด (ด.2)
สุพรรณบุรี เอฟซี (ไทยลีก) vs กรุงธนบุรี เอฟซี (ด.2)
อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด (ด.1) vs ราชบุรี มิตรผล เอฟซี (ไทยลีก)
สุโขทัย เอฟซี (ไทยลีก) vs ซุปเปอร์ พาวเวอร์ (ไทยลีก)
การท่าเรือ เอฟซี (ด.1) vs บีอีซี เทโร ศาสน (ไทยลีก)
พัทยา ยูไนเต็ด (ไทยลีก) vs เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด (ไทยลีก)
สีหมอก เอฟซี (ด.2) vs ระยอง เอฟซี (ด.1)
เชียงราย ยูไนเต็ด (ไทยลีก) vs บางกอกกล๊าส เอฟซี (ไทยลีก)
ชัยนาท ฮอร์นบิล (ไทยลีก) vs บ้านบึง ยูไนเต็ด (ด.2)
ศรีสะเกษ เอฟซี (ไทยลีก) vs สงขลา ยูไนเต็ด (ด.1)
ขอนแก่น ยูไนเต็ด (ด.1) vs เชียงใหม่ เอฟซี (ด.1)
นนทบุรี เอฟซี  (ด.2) vs สมุทรสาคร เอฟซี (ด.2)
อาร์มี่ ยูไนเต็ด (ไทยลีก) vs กระบี่ เอฟซี (ด.1)